Основание Национального музея происходило в контексте времени, когда после Французской революции королевские и частные коллекции искусства становились доступными общественности. Впервые о таком музее заговорили в 1796, когда было группой дворян было открыто частное Общество Патриотических Друзей Искусства. Общепризнанная цель общества была «возобновлением продвижения искусства». В 1800 группа основала академию изящных искусств, которая обучала студентов прогрессивным формам искусства и истории. Национальный музей Праги был официально открыт 15 апреля 1818 года. Первоначально его экспозиции были сконцентрированы на естественных науках, ботанике и минералогии.
Запись относится к месту: Прага
Изначально музей размещался в Штернбергском Дворце, но с ростом коллекции он оказался слишком мал и музей перенесли в Ностицкий Дворец. Вскоре и новое место стало слишком тесным, и было принято решение строить новое здание Национального Музея на Вацлавской площади. Музей не был заинтересован сбором исторических объектов до 1830-х и 40-х годов, когда стал распространяться романтизм, а сам музей стал центром чешского национализма. Историк и секретарь Национального музея Франтишек Палацки в 1841 году попытался сбалансировать естествознание и историю. Это была трудная задача, на достижение которой ушло более века, пока исторические сокровища Национального музея Праги не сравнялись с набором артефактов естествознания.
Однако важность музея заключалась скорее в способности вызвать интеллектуальный сдвиг в Праге. До этого времени во всех сферах общественной жизни доминировало богемское дворянство, но Национальный музей был призван служить всем жителям страны. Ему удалось сбросить оковы, которыми дворянство окутало науку и знания. Большая заслуга в этом принадлежит упомянутому выше Франтишеку Палацки, который в 1827 году предложил публиковать журнал музея на чешском и немецком языках.
В 1949 правительство национализировало музей, а в мае 1964 он стал комплексом из пяти автономных компонентов: Музея Естествознания, Исторического Музея, Музея Азии, Африканских и американских Культур, Библиотеки Национального музея и Центральной станции Музееведения. Шестым автономным модулем стал Музей чешской Музыки, основанный в 1976.
Монументальное здание Национального музея в неоренессансном стиле было построено в конце 1880х на Вацлавской площади. Здание появилось в период с 1885 по 1890 год под руководством местного архитектора Йозефа Шульца, который также работал над реконструкцией поврежденного пожаром Национального театра. Новое сооружение было призвано не только разместить коллекцию музея, но также и стать символом национальной идентичности чехов. И это не случайное совпадение, что здание появилось на вершине Вацлавской площади. Из-за своего выдающегося расположения, Национальный музей является одним из самых фотографируемых сооружений Праги.
В то время, как экстерьер здания выделяется прежде всего своими монументальными объемами, интерьер можно назвать самой привлекательной частью музея. Особенно впечатляют большая лестница в главном зале и величественный пантеон. Главный зал увенчан большим стеклянным куполом, а хранилища украшены фресками. Помимо ряда временных выставок, в Национальном Музее проходят постоянные экспозиции по биологии, антропологии, минералогии, геологии, нумизматике и истории региона.
В 2015 году началась капитальная реконструкция Национального музея, которую планируют закончить в 2018. На время реконструкции часть коллекции демонстрируется в других зданиях, включая «новое здание» бывшей Федеральной Ассамблеи. Это здание будет соединено с историческим зданием музея на Вацлавской площади подземным тоннелем. Коллекция станет более доступной для иностранных туристов благодаря мультиязычным указателям и сопровождающей информации.