Свято-Климентовский пещерный мужской монастырь был основан в VIII-IX веках в Инкермане. Появление монастыря, согласно истории, связано с культом римского епископа святого Климента
Запись относится к месту: Инкерман
Епископ Климент был отправлен в ссылку императором Траяном за исповедование христианства в инкерманские каменоломни и казнен здесь в 101 году. Мощи святого Климента сохранялись первое время в подводном гроте недалеко от Херсонеса (здесь они были обретены), доступ сюда открывали раз в год, когда — в день гибели праведника — отступало море. Позже они были перемещены на маленький остров Казачий посреди бухты, где, по легенде, руками ангелов была возведена церковь.
Монастырь святого Климента был построен в VIII-IX веках неподалеку от византийской крепости (она относилась к княжеству Феодоро, известна под названием Каламита). В 1475 году Каламита была завоевана турками, пещерный монастырь со временем пришел в упадок. Крепость переименовали в Инкерман, что и дало название появившемуся тут городу. С 1783 года Инкерман принадлежал России, а в 1850 году монастырь начал новую жизнь, получив при этом свое нынешнее название — Свято-Климентовский монастырь
В 1867 году был реконструирован и начал функционировать пещерный храм святого Мартина исповедника. В 1895 в честь спасения царской семьи после железнодорожной катастрофы был возведен храм имени великомученика Пантелеймона. В 1905 году, как дань памяти о Крымской войне на вершине плато была отстроена церковь имени св. Николая Мирликийского. C 1924 года храмы инкерманского монастыря были постепенно закрыты. В 1927 году землетрясение довольно сильно разрушило Благовещенскую и Николаевские церкви, было решено разобрать их. В 1928 году закрыли также и храм иконы «Всех скорбящих Радосте».
На фото ниже, на заднем плане виднеется храм св. Николая Мирликийского, уничтоженный в 1932 году (по другим сведениям, его разрушили во время Великой Отечественной войны):
В 1931 году в пещерных монастырях были прекращены богослужения, они были полностью закрыты, а имущество передали Севастопольскому объединению музеев. После закрытия, в монастыре остались жить настоятель Венедикт, отец Прокопий и несколько старцев. В ходе Великой Отечественной войны в монастырских пещерах базировался штаб 25-ой Чапаевской дивизии Приморской армии. В июне 1942 года эта дивизия на Инкерманских высотах отбивала атаки противника, подступавшего к Севастополю.
С 1991 года было начато поэтапное восстановление Свято-Климентовского монастыря, была проведена реставрация храмов и келейных корпусов.